Về vị trí địa lý: Xã Ninh Phụng nằm gần trung tâm thị xã Ninh Hòa, cách trung tâm thị xã 2 km, có ranh giới tiếp giáp như sau: Phía Đông giáp xã Ninh Đông, phía Tây giáp xã Ninh Xuân, phía Nam giáp xã Ninh Bình, phía Bắc giáp xã Ninh Trung và Ninh Thân. Xã có Quốc lộ 26 chạy qua, lại gần trung tâm thị xã Ninh Hòa nên xã Ninh Phụng có nhiều điều kiện thuận lợi trong lưu thông, giao lưu văn hóa, phát triển kinh tế - xã hội.